Program Magister (S2), Program Studi Pendidikan Agama Hindu, Sekolah Tinggi Keguruan dan Ilmu Pendidikan (STKIP) Agama Hindu Amlapura merupakan program pendidikan tinggi jenjang pascasarjana yang bertujuan untuk menghasilkan lulusan dengan keahlian akademik dan profesional dalam bidang pendidikan agama Hindu. Program ini dirancang untuk mendalami aspek teoretis, filosofis, serta praktis dalam pendidikan agama Hindu, sehingga lulusan mampu berkontribusi dalam pengembangan pendidikan, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat. Profil lulusan Prodi, yaitu Pendidik bidang Pendidikan Agama Hindu, Peneliti bidang Pendidikan Agama Hindu, Administrasi Satuan Pendidikan, dan Praktisi Seni Budaya Lokal Keagamaan Hindu. Prodi ini diselenggarakan berdasarkan Surat Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 1202 Tahun 2024 tentang Izin Penyelenggaraan Program Studi Pendidikan Agama Hindu untuk Program Magister pada Sekolah Tinggi Keguruan dan Ilmu Pendidikan Agama Hindu Amlapura tanggal 20 November 2024. Selanjutnya, berdasarkan Surat Keputusan Ketua STKIP Agama Hindu Amlapura Nomor 1384/1.6/STKIP/XII/2024 tertanggal 1 Januari 2025 ditetapkan Dr. I Wayan Jatiyasa, S.Pd., M.Pd., selaku Ketua Program Studi Pendidikan Agama Hindu pada Program Magister pada STKIP Agama Hindu Amlapura.